Theo tư liệu của địa phương, Phù Châu Miếu tọa lạc trên cồn đất rộng khoảng 2.500 m² giữa sông Vàm Thuật. Do nằm tách biệt với khu dân cư và chỉ có thể tiếp cận bằng đường thủy, công trình từ lâu được người dân gọi là Miếu Nổi.
Thời điểm xây dựng miếu hiện chưa được xác định chính xác bằng tư liệu lịch sử. Theo truyền tụng dân gian, công trình có thể hình thành vào khoảng cuối thế kỷ XVIII – đầu thế kỷ XIX, gắn với hoạt động giao thương đường sông và tín ngưỡng của cư dân khu vực. Đây là lớp tư liệu truyền miệng, do đó không thể xem là căn cứ xác định niên đại chính thức của di tích.
Giá trị nổi bật của Phù Châu Miếu nằm ở kiến trúc và nghệ thuật trang trí. Công trình được bố trí theo kiểu chữ Tam, gồm ba tòa nhà nối với nhau qua sân thiên tỉnh. Hệ thống mái sử dụng ngói âm dương tráng men xanh ngọc. Nhiều vị trí trên mái, tường và các cấu kiện kiến trúc được trang trí bằng kỹ thuật khảm gốm, cẩn sành sứ.
Các mảng trang trí tập trung nhiều hình tượng quen thuộc trong kiến trúc tín ngưỡng như rồng, phượng, Long – Ly – Quy – Phụng, hoa lá và các mô típ mang ý nghĩa cát tường. Việc sử dụng nhiều mảnh gốm sứ với màu sắc và chất liệu khác nhau tạo nên diện mạo đặc trưng cho công trình, đồng thời phản ánh sự giao thoa văn hóa Việt – Hoa trong đời sống tín ngưỡng của cư dân vùng Gia Định – Sài Gòn.
Không gian thờ tự tại miếu gắn với tín ngưỡng dân gian, trong đó có tín ngưỡng Ngũ Hành. Vị trí giữa sông cũng khiến lịch sử và diện mạo của công trình gắn chặt với đời sống sông nước – một đặc điểm từng giữ vai trò quan trọng trong quá trình hình thành các khu dân cư ở vùng đất Gia Định.
Phù Châu Miếu từng trải qua thời gian xuống cấp và có giai đoạn ít người chăm sóc. Từ năm 1992, công trình được sửa chữa, trùng tu qua nhiều giai đoạn. Việc tu bổ góp phần duy trì không gian thờ tự và các giá trị kiến trúc của ngôi miếu trong đời sống cộng đồng.
Ngày 10/4/2014, UBND TPHCM ban hành Quyết định số 1761/QĐ-UBND, xếp hạng Phù Châu Miếu là di tích kiến trúc nghệ thuật cấp thành phố.
Sau nhiều biến động của đô thị, Phù Châu Miếu vẫn tồn tại trên cồn đất giữa sông Vàm Thuật. Giá trị của di tích không chỉ nằm ở một công trình tín ngưỡng có kiến trúc đặc biệt, mà còn ở khả năng lưu giữ dấu tích của đời sống văn hóa, tín ngưỡng và cảnh quan sông nước từng gắn với quá trình hình thành vùng đất Gò Vấp.
Trong quá trình đô thị hóa, những không gian như Phù Châu Miếu cho thấy di sản TPHCM không chỉ hiện diện trong những công trình lớn giữa trung tâm thành phố. Một ngôi miếu nhỏ giữa dòng sông cũng có thể trở thành chứng tích cho những lớp cư dân, tín ngưỡng và cảnh quan đã góp phần tạo nên diện mạo thành phố hôm nay.
